曹操赶忙率军回兖州。
当曹操赶到时，兖州几乎所有郡县全部投降吕布。
整个兖州已经几乎完全的落入了吕布之手。
只剩下鄄城和范县和东阿县在曹操手里。
兖州的文武官员除了曹操自己的亲信之外全部投降！
曹操处境可谓极度险恶。
吕布听闻曹操回军，赶忙驻守濮阳，准备和曹操碰一碰。
曹操听闻吕布驻守濮阳，嘲讽吕布好勇无谋，却不守东平，以泰山险要抵抗自己，吕布此人无多大作为。
于是曹操屯兵在郊外，吕布出城迎战，曹操的青州的兵马虽然士气高昂，对曹操死忠，但是终归为乌合之众。
在吕布的铁骑兵团的突击下，全部溃散，曹操的大军阵型马上被这些逃兵给冲散了。
曹操一看不利，连忙想要逃跑，结果落马，左手掌烧伤，幸亏部下楼异扶持上马，才逃离战场。
不过献帝春秋中记载与其有所差异。
献帝春秋中记载，吕布命令濮阳城中大户田家，以诈降作内应，引曹操入城，自己好围剿曹操。
曹操中计率兵杀入城中，还将入城的东门烧毁以示决心，表示此次不夺回兖州，我曹操就死在这里！
等到伏兵四起，曹军大败。吕布跃马杀来，曹操见到吕布神勇，吓得马上抱头鼠窜。
由于是黑夜，吕布认不得曹操，虽然拦住正欲逃走的曹操，但是看不清是谁。
吕布问道；“曹操何在？！”
“前面骑黄马的便是！”曹操指着前方说
吕布于是向前追赶骑黄马的人。
曹操得以在东门烧着熊熊大火中，冒着火烟逃了出去。
结局都是曹操逃窜而走，吕布获胜。
曹操回营后，整顿兵马，与吕布再战，和吕布相持了一百多天。
耗着耗着，双方都耗不过对方了，当时兖州出现蝗灾，东郡斗米五十贯，开始出现了人吃人！
双方的粮食也都见了底，双方就暂时停战。
曹操军还鄄城。此时，曹操失去了兖州，军粮已尽，可谓是弹尽粮绝，山穷水尽了！
此时老大袁绍就派人来劝说曹操投靠他，将家小迁到邺城当人质，曹操眼看山穷水尽疑无路，差点就答应了，麾下谋士程昱劝阻，曹操才打消这个念头。
曹操便决定和吕布赌一把，成则夺回兖州，败则投奔袁绍。
这次曹操取得三次大胜，破定陶、庸丘等，平定兖州。吕布逃往徐州投靠刘备。
此时在关西一带，董卓的旧部李傕，郭汜，进行火拼，汉献帝趁机逃出二人魔爪，献帝从长安东归。
李傕郭汜同意后又反悔，突然达成一致，又开始了追击献帝，韩暹和董承带兵阻击。
艰难的东归到洛阳后，小朝廷就开始了重整工作，志向光复大汉朝廷威信。
本来东归好好的，没曹操啥事，结果东归的小朝廷自己开始了内乱。
小朝廷护送献帝的诸位将领，开始了争权夺利，韩暹以护送献帝东归而居功自傲，搞的小朝廷乌烟瘴气的。
小机灵鬼董承，董大聪明，看到韩暹这样，也是心生不满，就想到了一个好法子。
我让曹操过来和韩暹狗咬狗，我再坐收渔翁之利，我可真聪明啊！董承心想
就这样董承秘召曹操来，并且当众数落韩暹的罪过，满怀期待的希望曹操把他宰了。
韩暹一听赶忙一人逃亡到屯兵于梁县的杨奉。
曹操却不这样认为，曹操非但没有数落他们的罪过，并且封他们十多人为列侯。
同年九月，汉献帝在曹操的护卫下迁都到许县【许昌】，百官一同前往。
同年十一月后，汉献帝以曹操为司空，行车骑将军事。
建安二年（197年）正月，曹操起兵讨伐张绣，张绣投降。
不久后再度叛乱，长子曹昂、侄子曹安民、猛将典韦战死。
曹操又两度讨伐，都没有彻底消灭张绣。
九月，曹操东征已经称帝的袁术，袁术弃军而逃至淮河，曹操连战连胜，杀袁术留守四将。
建安三年（198年）四月，曹操遣谒者裴茂率中郎将段煨讨伐长安的李傕，夷三族。
建安三年（198年），吕布再次反叛朝廷与袁术结盟，派高顺、张辽攻打沛城，击败刘备。
曹操派夏侯敦援救刘备，也被高顺打败，九月，高顺等攻破沛城，俘虏了刘备妻儿，刘备败投曹操。
同年九月，曹操亲自东征徐州，进攻久与他为敌的吕布。
大军抵达下邳城下。曹操送了一封信给吕布，向他陈述祸福。
吕布眼见曹操势大财雄，就萌生了投降的想法，说不定可以留住一条狗命。
但陈宫等人由于自己对曹操负罪，害怕投降后得到曹操清算，极力反对。
而且对吕布说：“曹公从远道而来，其局势不能持久，将军如果用步兵和骑兵驻守城外，我率领其余人马关了城门把守。曹操如果向将军进攻，我带领部队从后面进攻曹军；要是曹操只是攻城，将军就从外面救援。用不了一个月，曹军粮食全部用尽，发起进攻就可以打败曹操。”吕布同意他的看法。
但是吕布的老婆并不这么认为，因为陈宫就是一个二五仔，曾经曹操对其甚好，其背叛曹操。
吕布的老婆就劝吕布说陈宫此人二五仔一个不可信！
吕布听信了老婆的谗言，暗中派人去向袁术求救，又率领千余铁骑出城迎战，被曹操击败，固守城池不敢出去，袁术也不能营救。
曹操围攻三个月，决水围城，吕布军中上下离心，其部下侯成、宋宪、魏续反叛，绑了陈宫投降曹操。
吕布见大势已去，于是令左右将他的首级交给曹操，左右不忍， 便于十二月癸酉（199年2月7日）下城投降。
曹操后缢杀吕布，割了首级，收降在外的张辽，自此曹操平定徐州。
建安四年（199年），曹操派史涣、曹仁击破张杨旧部眭固，取得河内郡，把势力范围扩张到黄河以北。
中原大部皆为曹操所掌握，曾经的老大袁绍也平定了河北，对其虎视眈眈。
消灭睦固后，为了应对之后与袁绍的战争，曹操预作布置，命在青州有潜在影响的臧霸等人攻入青州，占领齐（治今山东临淄）、北海（治今山东寿光东南）等地，巩固右翼；又命大将于禁屯军黄河南岸，监视袁绍。
不久，张绣听从谋士贾诩之计，投降曹操，曹操大喜，拜张绣为扬武将军，解除了后顾之忧。建安四年（199年）十二月，曹操自率军屯于官渡（今河南中牟北），准备迎击袁绍
曹操派刘备去阻击欲逃亡到袁绍处的袁术。
建安五年（200年）正月，董承大聪明等人谋诛曹操事泄，被曹操杀掉。刘备遂袭杀徐州刺史车胄，占据徐州。
之后曹操先消灭了在徐州的刘备，保证了后方的稳定。
后来在官渡之战【后面会发章节写过程，这个太长了。】中击败袁绍，袁绍抑郁而死，曹操逐步击败袁绍二子，统一北方。
袁尚与二哥袁熙逃亡到乌桓，乌桓向来与袁绍交好，原袁绍官吏大部分也跟随二人逃到乌桓，乌桓时常在边境掠夺。
袁尚准备借乌桓之力光复河北，曹操为了保证后方的稳定，远征乌桓。
建安十二年（207年）五月，曹操亲率大军到达无终（今蓟县）。
时正雨季，道路积水，浅不通车马，深不载舟船”。
曹操听从无终人田畴之议，改从一条久已断绝，但“尚有微径可寻”的路线进军。在田畴的引导下，曹操大军登徐无山（今河北玉田北），出卢龙塞（今河北喜峰口附近），“堑山堙谷五百余里”，直指乌桓老巢柳城（今辽宁朝阳南）。
八月，曹军进至离柳城不足二百里时，乌桓才发现，于是蹋顿与袁尚、袁熙等人率数万骑兵迎击。
后在曹操的一系列的操作下，曹操平定乌桓，收胡汉降者二十余万，袁尚与袁熙逃亡辽东公孙康后被杀，公孙康送二人头颅与曹操。
曹操此时做到了统一北方，并且对南方也是虎视眈眈！