因全球变暖，全世界范围内冰川快速消融。而这导致的不仅是海平面的上升，还有那被冰川封印在碧蓝深渊的上古生物，称其为海妖。
为应对海妖，全世界所有国家联合一起建立了海上长城，发明了巨型战斗机器人，代号“巨人”，甚至在上古遗迹与对海妖的研究中发现了一种能量，并将其运用至战斗，称为法术。
在与海妖的战争中，人类逐渐注意到了碧蓝深渊，并依靠“巨人”和法术一探究竟，以拯救人类......
